Auf europäischer Ebene wird der Bologna-Prozess vor allem durch die zweijährlichen Treffen von mittlerweile 46 Bildungsministern vorangetrieben (2001: Prag, 2003: Berlin, 2005: Bergen, 2007: London, 2009: Leuven). Als permanentes Gremium wurde die „Bologna Follow-Up Group (BFUG)“ eingerichtet. In ihr arbeiten Vertreter der verschiedenen Bologna-Staaten und der Europäischen Union an der konkreten Umsetzung der Bologna-Ziele.
Auf nationaler Ebene wurden so genannte „Bologna-Gruppen“ gebildet. Die deutsche Bologna-Gruppe setzt sich aus Vertretern des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF), des Deutschen Akademischen Austauschdienstes (DAAD), der Hochschulrektorenkonferenz (HRK), der Kultusministerkonferenz (KMK), des freien zusammenschlusses von studentinnenschaften (fzs), der Bundesvereinigung Deutscher Arbeitgeberverbände (BDA), der Gewerkschaft Erziehung und Wissenschaft (GEW) und des Akkreditierungsrates zusammen. Die Gruppe entwickelt Lösungen zur Umsetzung der Bologna-Ziele auf Bundesebene, berichtet an die BFUG und führt Seminare zu den verschiedenen Inhalten des Bologna-Prozesses durch.